Hasta 1874, la sede del gobierno militar español era la Casa del Rey, hoy Casa Real de la Historia Juanadina.
El gobierno civil estuvo en distintos locales del pueblo hasta que, en 1896, el Consejo Municipal compró dos casas construidas en 1890: una de altos y bajos en la calle Degetau y otra terrera en la calle Mario Braschi.
En 1920 comenzaron las mejoras a la estructura para atender los daños ocasionados por el temblor de 1918, reparaciones que terminaron en 1922. Se construyó un anexo al lado derecho para la Academia de Música y para los Bomberos. Además, se trasladó a la alcaldía el reloj de fabricación suiza que estuvo en la torre de la iglesia San Ramón Nonato.
En 1991 se incluyó la remodelación de la Casa Alcaldía como parte de la celebración del 5to Centenario del Descubrimiento de Puerto Rico, incluyendo la compra de una residencia de 1890. Se remodelaron las estructuras, preservando su valor histórico y arquitectónico. Además, se construyó un edificio de tres pisos que se conectó a la casa privada adquirida en el proceso. Hoy la alcaldía está ubicada en la calle Degetau, frente a la Plaza Pública.